Le Maître voit ses pouvoirs décliner, au point de s’estomper complètement, ce qui signifie que sonne le crépuscule de la magie Kuji en lui… C’est le moment de partir méditer et de laisser les Minis Ninjas… Heureusement, le hasard fait bien les choses, Ejikaiju, un nouveau maître Ninja vient de faire son apparition, et il ne demande qu’à prendre la place du Maître pour former les Ninjas de demain. A moins que la présence d’Ejikaiju au moment même où les pouvoirs du Maître disparaissent ne soit pas une coïncidence… C’est que les Minis Ninjas, séduit au début par le nouveau venu, vont découvrir…