'Dirty Wars' is deels een documentaire, en deels fictie. De documentaire volgt onderzoeksjournalist Jeremy Scahill, schrijver van de bestseller 'Blackwater', naar de verborgen wereld van de geheime oorlogen van de VS, van Afghanistan, Jemen, tot Somalië en verder. De film doet verslag van één van de belangrijkste en meest onderbelichte verhalen uit onze tijd. Wat begint als een verslag van een dodelijke Amerikaanse nachtelijke inval in een uithoek van Afghanistan, verandert al snel in een wereldwijd onderzoek naar de geheimzinnige en machtige Joint Special Operations Command (JSOC).