由西历转为宇宙世纪的改历仪式当日,地球联邦政府首相官邸所在地──太空站「拉普拉斯」遭到爆炸恐怖攻击破坏。参加恐怖攻击的青年赛亚姆.毕斯特虽然被爆炸波及却侥幸存活,得到了后来被称为「拉普拉斯之盒」的禁忌盒子。 然后,到了将近100年之后的宇宙世纪0096年──。位于暗礁宙域的建设中的工业殖民卫星(工业七号),有一艘通称「带袖的」的反政府组织手下的伪装货船葛兰雪进港。这艘船的目的是要接收毕斯特财团所隐匿的「拉普拉斯之盒」。在母亲死后被未曾谋面的生父收养、进入亚纳海姆电子工业学校就读的少年巴纳吉.林克斯,遇见了搭乘葛兰雪偷渡进入工业七号的少女。巴纳吉救了意外被抛入无重力空间的少女,她说为了阻止「战争」而要去见某个人。